De Lelie is in 1920 als het binnenvaartscheepje Excelsior gebouwd op de werf Van Beveren in Zoeterwoude. Naar verluid vervoerde het onder andere zand en bouwmaterialen, maar van deze periode in haar geschiedenis is weinig tot niets bekend.

In 1962 is door Scheepswerf BOCXE op de romp een opbouw afkomstig van een autobus geplaatst, en kreeg de Lelie haar huidige vorm. Als Hart van Holland voer het daarna tot 1986 in Gouda en over de Reeuwijkse plassen. Daarna werd de boot omgedoopt tot Paep van Meynecom en voer tot 1998 over de Maas in Limburg, op de grens met Belgiƫ. Na nog een naamsverandering, Fuut ditmaal, kreeg de Lelie in 2004 haar huidige naam.

Omstreeks deze tijd is de Lelie naar Amsterdam gekomen, en voelt zich sindsdien als een vis in het groenige grachtenwater.

Sinds 2006 is Jasmijn Klarenbeek de vaste schipper van de Lelie. Als geboren Amsterdamse en met haar jarenlange ervaring aan het roer is zij als weinig anderen thuis op de grachten en waterwegen van onze hoofdstad.